はい、入れます。パートの看護師や受付も、継続して雇用し常態として使用していれば、50人の数に含めます。
数えるのは契約や時間ではなく、常態として使っているか
小規模事業場ストレスチェック制度実施マニュアル（p.6）は、50人の数え方について、契約期間や週の労働時間では判断せず、常態として使用されているかどうかで判断すると説明しています。労働時間が短いアルバイトやパートタイム労働者であっても、継続して雇用し常態として使用していれば、数に含める必要があるとされています。
クリニックなら、週に数日だけ入るパートの看護師や、短時間の受付スタッフも、継続して雇われていれば1人として数えます。
受検の対象者の数え方とは別です
ストレスチェックを受けてもらう人の範囲には、契約期間と週の労働時間についての要件があります。50人を数えるときの基準は、それとは別のものです。そのため、50人には数えるけれど、受検の対象にはならないパートの方がいる、ということが起こります。人数の判定と、誰に受けてもらうかは、分けて考えてください。
50人の数は、何の分かれ目になるか
マニュアルは、この数え方を、労働基準監督署への報告が必要かどうかの基準として載せています（p.6）。労働安全衛生規則 第52条の21 の報告は、常時50人以上の労働者を使用する事業者に関する規定です。定期健康診断の結果報告を定めた労働安全衛生規則 第52条も、常時50人以上の労働者を使用する事業者が対象です。
一方、ストレスチェックの実施の義務は、2028年4月1日から事業場の規模に関係なくなります（令和8年政令第195号が施行日を定めています）。50人の数は、実施するかどうかではなく、報告が必要かどうかを確かめるための数字になります。
数える単位は会社全体ではなく事業場です。発基第91号は、一の事業場かどうかを主として場所的観念で決めるとしています。診療所が複数ある場合は、場所ごとに数えることになります。